Edification de la maison d'habitation autour de sa pièce centrale, la « maison chauffure » équipée de sa cheminée sarrasine, et de la chambre « en bise » (au nord), dite « chambre des valets ».

Une analyse dendrochronologique des bois de la charpente a permis de dater précisément la création de la ferme.

Le bâtiment d'habitation (la maison) s'agrandit avec la construction de deux chambres « en vent » (au sud), respectivement la chambre des jeunes filles et celle du seigneur.

Au début du 18e siècle, le lévier (pièce où se situe la pierre d'évier et le garde-manger ou chambron à lait) est ajouté à l'ouest du bâtiment dans l’aître (galerie extérieure qui longe les fermes de Bresse).

Au cours du 18e siècle, le Domaine des Planons gagne des terres cultivables et passe de 20 à 46 hectares.

Four, étables, écuries, soue et poulailler... la ferme s'agrandit au 19e siècle. Ces nouvelles constructions sont en pisé, et non en pans de bois et torchis comme la maison d'habitation, plus ancienne. Cette technique du pisé, utilisant spécifiquement de la terre crue prélevée sur le domaine, permet de palier le manque de bois que connait la région à cette époque.

Les 5 corps de bâtiments du Domaine des Planons sont classés au titre des monuments historiques, ce qui en fait l'une des premières fermes ainsi protégées en France.

Ce classement précoce a permis d'engager des mesures de sauvegarde et de restauration respectueuses des techniques de construction ancienne et de l'esprit des lieux. 

Le Conseil général de l'Ain acquiert les bâtiments classés de la ferme des Planons et à termes ses 48 hectares de terres attenantes.

De la fin du 15e siècle jusqu'à 1992, les propriétaires successifs du domaine font exploiter leurs terres en fermage ou métayage : le domaine reste ainsi dans les mains de quelques familles de fermiers qui se transmettent parfois sur plusieurs générations la gestion de ces terres.

En 1992, M. et Mme Manigand quittent la ferme à échéance de leur bail. C'est le début des travaux de restauration des corps de ferme.

Sous la direction d'Eric Pallot, architecte en chef des Monuments historiques, les professionnels présents sur ce chantier-école se sont attachés à préserver l'authenticité des formes et des matériaux par l'utilisation exclusive de pièces de réemploi et la mise en application des techniques anciennes.

Le 16 septembre 1995, la partie historique du musée ouvre au public à l'occasion des Journées européennes du Patrimoine.

La maison d’habitation présente déjà à l'époque une reconstitution d’un intérieur bressan réalisé à partir de l'inventaire après-décès de 1784.

Le 26 juin 2005, un nouveau bâtiment d'architecture contemporaine, conçu par les cabinets Girodet Dassonville et Robin, écrin pour les collections sorties des réserves, est inauguré par le président du Conseil général de l'Ain de l'époque, Charles de la Verpillière, en présence du préfet de l'Ain et de Monsieur Debat, conseil régional Rhône-Alpes. Cette inauguration clôt ce projet innovant mené depuis 18 ans.

Ce nouveau bâtiment accueille sur 3 300 m2 des services et de nouvelles expositions permanentes où plus de 3 500 objets sont présentés. Deux univers sont désormais complémentaires : les expositions permanentes dans la grande halle côtoie l'intimité des corps de fermes.

Le musée reçoit des mains de la reine d'Espagne le Prix européen des musées 2007 - 1re mention spéciale du jury. 

Ce sont la qualité d'accueil et de présentation des collections du musée qui sont récompensées.

 Le Conseil général de l’Ain avait été sollicité en décembre 2010 pour candidater au label 2011 « Architecture remarquable de terre en Europe » dans le cadre du projet européen « Terra Incognita ». Au regard des critères définis, les bâtiments de ferme du domaine des Planons, construits selon des techniques traditionnelles utilisant la terre crue, classés au titre des monuments historiques et ayant fait l’objet d’une restauration exemplaire, présentaient de nombreux atouts pour prétendre à cette labellisation.

La remise du label s’est faite à Marseille le 4 mai 2011 dans le cadre du colloque européen « Construire en terre » sous la présidence de John Hurd, président du comité consultatif de l’Icomos - ISCEAH (Conseil international des monuments et des sites).

Ce label, qui a été attribué à quinze sites en Europe, dont deux en France, s’ajoute à la mention spéciale du jury reçue à l’occasion du prix européen des musées en 2007. Il contribue à renforcer la valeur patrimoniale et l’activité culturelle du musée.

Le musée reçoit la labellisation pour les déficiences auditives et mentales.

Suite à de violents orages pendant le week-end, la foudre tombe dimanche 03 août vers 17 h sur la cheminée sarrasine de la ferme des Planons.

Dans une premier temps et pour des raisons de sécurité, l’accès à la ferme des Planons est temporairement interdit. La diagnostic rendu atteste que seule la mitre de la cheminée est touchée. L'accès aux bâtiments historiques est rapidement réouvert.

L’optimisation de la performance énergétique du musée a amèné à opérer un chantier des collections. Afin de protéger les artefacts des aléas inhérents aux travaux, plus de 3 000 objets, des émaux bressans à l’automate cuisinier en passant par les chapeaux à cheminée, les peintures, les menus, les œufs peints…ont été désinstallés, conditionnés, puis remis en exposition.

Ce chantier des collections a mobilisé les 6 personnes du département scientifique de la Direction des musées départementaux et deux personnes du musée à temps plein.

Dès le 1er avril 2018, le public a pu découvrir une exposition permanente renouvelée avec notamment de nouvelles vitrines sur la gastronomie et les tables de chefs étoilés.