Reconstruit au 18^e siècle et dirigé par les sœurs de Sainte Marthe, l’hôpital s’organise autour de la chapelle depuis laquelle on découvre les deux salles de malades. Les remèdes étaient préparés par des religieuses dans l’apothicairerie, inaugurée fin 1789. Ces dernières y fabriquent et vendent les remèdes pendant près de deux siècles, jusqu’en 1939. Remise à neuf en 1815, elle comporte des boiseries de style Directoire et également une exceptionnelle collection de 120 pots de faïence de Meillonnas, dont les décors furent créés spécialement pour l'apothicairerie. On compte également trois mortiers dont un grand en bronze, qui porte une inscription latine avec la date de 1521. Il est décoré des figures des apôtres en pieds et de deux blasons identiques. Installée en face de l'apothicairerie, la tisanerie que l’on peut découvrir était le lieu de préparation des infusions, décoctions ou macérations. Au 18^e siècle, ces activités pouvaient fonctionner en autarcie grâce au jardin de plantes médicinales, qui est toujours conservé aujourd’hui au cœur du site.

Autre joyau du patrimoine, un triptyque de la Lamentation est aujourd'hui présent dans la tisanerie de l'hôpital de Châtillon-sur-Chalaronne. Achevé en 1527, il est constitué d'un panneau de bois central représentant la Descente de Croix et complété par deux volets. On peut y voir sur le volet de gauche l'agonie du Christ au jardin des oliviers et la résurrection sur celui de droite. Au dos des volets figurent les apparitions de Jésus à Marie-Madeleine et à sa mère. Les armoiries de la famille Blanchard, riches négociants, figurent au dos du panneau.
Provenant de la chapelle des Capucins, à Châtillon, le triptyque fut caché sous la Révolution pour des raisons plus qu'évidentes puis placé dans la chapelle de l'hôpital. Le triptyque a été cédé à l'État en 1893 par l'hospice de Châtillon-sur-Chalaronne ; destiné dans un premier temps au musée de Brou à Bourg-en-Bresse, il n'a finalement jamais quitté Châtillon-sur-Chalaronne. Il est classé au titre des monuments historiques depuis 1913.
La force de l'expressivité de ce tableau est servie par une facture de grande qualité, de la main d'un atelier non identifié, qui offre une fusion entre manière italienne et modèles des écoles du nord, et présente des points de comparaison avec la peinture du début du 16e siècle en Bourgogne.

L'exposition permanente consacrée à Philibert Commerson est présentée dans l'Orangerie de l'ancien hôpital, accessible aux visiteurs de l'ancien hôpital.

De sa naissance à Châtillon, à son tour du monde, jusqu'à sa mort puis son héritage, découvrez la vie d'un homme passionné. Philibert Commerson nait le 18 novembre 1727 à Châtillon-les-Dombes (aujourd'hui Châtillon-sur-Chalaronne). Aîné de sept enfants, fils d'un notaire royal-procureur syndic de la ville, Philibert obtient son doctorat de médecine en 1754. Grâce à Jérôme de Lalande, astronome originaire de Bourg en Bresse, il fait ensuite la connaissance du milieu intellectuel parisien, notamment Bernard de Jussieu, botaniste au jardin du Roi et du médecin académicien Pierre-Isaac Poissonnier. Avec leur aide, Commerson est nommé "Médecin Naturaliste du Roy".

En 1767, il embarque pour une expédition autour du monde dirigée par Louis-Antoine de Bougainville sur ordre du roi Louis XV. Son plus grand travail d'herborisation commence alors : dessin, descriptif, récoltes...

Inauguré en 1996, le Musée de la vie en Dombes en 1900 de Châtillon-sur-Chalaronne, installé à l’Hôtel-Dieu, est l’aboutissement d’un travail de collecte mené par les époux Sarda Cochet. Ces derniers, donateurs de cette superbe collection d’objets usuels, outils agricoles, meubles, costumes... étaient soucieux du détail pour représenter la vie quotidienne à la fin du 19e siècle. Les 2 500 objets collectés composent des mises en scène en grandeur nature : l’animation du marché, le rythme laborieux des travaux agricoles, le drame de la Grande Guerre, la maison d’habitation, l’école… En filigrane, ils nous donnent à voir le lien vital qui unit l’homme à son milieu naturel. 
Le musée évoque sans nostalgie un pays et des hommes. Il donne à voir et à comprendre la culture populaire régionale et les usages qui la caractérisent.

Le Musée Micro-folie®, c’est un espace culturel numérique qui vous permet, bien installé dans un fauteuil, de découvrir gratuitement des œuvres d'art et des collections de musées du monde entier !

Grâce à la technologie numérique, vous pouvez explorer des chefs-d'œuvre, participer à des expositions interactives et vivre des expériences culturelles uniques, tout en restant à Châtillon.

Cet espace modulable offre un accès ludique aux œuvres des plus grands musées nationaux grâce au Musée numérique, cœur du dispositif, qui présente plus de 3 200 œuvres numérisées, issues du réseau de 205 établissements culturels partenaires.

Le projet Micro-Folie s’articule autour d’un Musée numérique en collaboration avec 12 établissements culturels nationaux fondateurs*.

En fonction du lieu choisi pour accueillir la Micro-Folie et du projet conçu pour et avec les habitants, plusieurs modules complémentaires peuvent compléter le Musée numérique : un FabLab, un espace de réalité virtuelle, une scène, une bibliothèque/ludothèque ou encore un espace de convivialité. L’objectif est de créer un espace multiple d’activités accessible et chaleureux.

Elle peut s’implanter dans une structure déjà existante (médiathèque, centre culturel et social, lieu patrimonial, centre commercial, etc.) ou être intégrée à un programme neuf.

Pour cela, La Villette qui coordonne ce projet porté par le Ministère de la Culture, accompagne chaque acteur de terrain dans la déclinaison de sa propre Micro-Folie.
Simple à installer et peu onéreuse, la Micro-Folie s’adapte aux besoins de chaque territoire.

* Les douze établissements fondateurs sont : le Centre Pompidou, le Château de Versailles, la Cité de la Musique –Philharmonie de Paris, le Festival d’Avignon, l’Institut du monde arabe, le Louvre, le Musée national Picasso-Paris,
le musée d’Orsay, le Musée du Quai Branly-Jacques Chirac, l’Opéra national de Paris, la Réunion des musées nationaux – Grand Palais, Universcience.