Les apothicaireries sont organisées sur un plan simple comprenant en enfilade laboratoire et officine ornée de boiseries contenant les pots en faïence et autres contenants. Elles sont liées à un hôpital où l'on recueillait et soignait les pauvres. On venait aussi y chercher des remèdes. Généralement gérées par des religieuses, elles y préparaient des médicaments à partir de plantes médicinales qu’elles distribuaient aux patients.  Broyées, distillées ou encore cuites dans l'indispensable laboratoire, elles permettaient d'obtenir les remèdes de l'époque.

L’apothicairerie de l’hôpital Montpensier a été établie à Trévoux en 1686,  lors de la fondation d’un nouvel hôpital ou Maison Dieu pour la Souveraineté de Dombes, par Anne-Marie Louise d'Orléans, duchesse de Montpensier. Longtemps les soeurs de la Charité de Saint-Vincent-de-Paul ont assuré le fonctionnement de l'hôpital, ainsi que les soins.
Grande pièce rectangulaire habillée de boiseries des 18e et 19e siècles, l’apothicairerie abritait des pots en faïence et porcelaine.  La première série de pots, en camaïeu bleu avec inscription, pourrait dater de 1701 et 1703, époque où furent achetées et payées de nombreuses drogues probablement livrées avec leurs contenants. Une deuxième série qui compte aujourd'hui 87 pots à décor bleu et petit motif floral brun orange, de forme droite ou pansue, est commandée au moment du réaménagement de la pharmacie dans la seconde moitié du 19e siècle.
L’ensemble a été déplacé au Carré patrimoine de Trévoux en septembre 2013 et fait l’objet de visites patrimoniales.

L’hospice de Montluel semble remonter au 13e siècle. Reconstruit puis agrandit au 18e siècle par Pierre-Antoine Caristia (1747), il abrite une apothicairerie installée dans les années 1765 qui restera active jusqu'en 1942. Ses boiseries sculptées provenant d'une ancienne apothicairerie de Jésuites lyonnaise et son plafond en toile peinte en font une pièce à décor remarquable. Elle comprend également une collection de faïences du 18e siècle, un mobilier très riche, ainsi qu'une Vierge de pitié sculptée en pierre polychrome du début du 16e siècle invoquée pendant les épidémies de peste.

En 1700, un riche marchand drapier, Etienne Pollo, fonde l'hôpital de Thoissey. Plus de 30 ans plus tard, entre 1731 et 1734, l'hôpital se dote d'une apothicairerie pour compléter le service hospitalier. Elle offrira ses services jusqu'au milieu du 19e siècle, aussi bien aux patients de l'hôpital qu'à la population de la ville.
Elle est l'une des plus petites apothicaireries du département de l’Ain. Ses trumeaux de porte et son plafond de forme octogonale a été peint par un artiste beaujolais du nom de Lugnot peu avant 1735 sur une toile marouflée. Le décor central entouré de balustrade en trompe l'oeil se déploie sur un fond bleu à décor de griffons dorés et de quatre cartouches. Au centre deux angelots et un personnage à turban. Une cape à fleurs de lys fait référence au Duc du Maine qui accorde en 1701 les lettres patentes nécessaires à l'ouverture de l'hôpital.
Réalisées en 1732-1733 dans des styles Louis XIV et Renaissance par Jean Noblet, maître-charpentier à Villefranche-sur-Saône, les boiseries en noyer couvrent les murs. Des loggias dont les arcatures moulurées en plein cintre délimitent des niches abritant une intéressante collection de bouteilles sur piédouches, chevrettes, pots-canon, piluliers, dont un ensemble de soixante pots à pharmacie du 18e siècle à décor bleu sur fond blanc se rapprochant beaucoup de celui de la faïence de Nevers.

Pont-de-Veyle possède un hôpital depuis le don d'une maison par Pierre de Bey en 1322 pour ce faire. En 1718, la communauté des soeurs de Sainte-Marthe crée une apothicairerie pour compléter les services de l'hôpital. En 2000, elle est restaurée et déplacée dans le hall du nouvel hôpital où on peut la découvrir aujourd’hui.
Décorée de boiseries du 18e siècle, elle abrite notamment des anciens livres, un tableau d'époque Louis XIV représentant une Vierge à l'Enfant ainsi qu'une collection de pots en faïence de Nevers datant du 18e siècle dont il n’en reste aujourd'hui que 84 chevrettes ou piluliers.

L'apothicairerie datée de 1763, inscrite au titre des monuments historiques depuis 1930, a été démontée lors de la restructuration de l'hôpital en 1999. Elle comprend un ensemble de boiseries, de plats et assiettes en étain, de pots et vases de pharmacie en faïences du 18e siècle à décoration en camaïeu bleu de Nevers.
L'hôpital de Belley possède un riche patrimoine immobilier représentatif de la longue histoire de cet établissement, installé depuis la fin du 17e siècle. Le mobilier comporte de nombreuses armoires des 17e et 18e siècles, mais sa richesse patrimoniale est formée par un ensemble intéressant de tableaux, dont le Martyre de saint Laurent signé Jean-Jacques Lagrenée (1739-1821), dit le Jeune. Le choix du sujet peut étonner dans un établissement hospitalier, mais saint Laurent est le patron des pauvres que l'on soignait là au 18e siècle ; il est aussi considéré comme le plus méritant des martyrs à cause de la cruauté du supplice qu'il endura ; c'est peut-être un exemple que l'on a voulu proposer aux malades. En revanche, on ne sait ni si cette oeuvre était destinée à l'hôpital, ni par qui elle a été donnée – médecin, malade ou bienfaiteur ? Tous les biens ayant été vendus à la Révolution, seule la lecture des archives anciennes permettrait peut-être d'en savoir plus.