Les premiers fossiles de poissons du site de Cerin ont été retrouvés en 1838 par l’ingénieur-géologue A. Drian. Quelques années auparavant, en 1821, J. Itier, chargé du lever de la carte géologique de l’Ain, avait recueilli pour sa part des empreintes de pissons et de végétaux fossiles dans divers gisements bugistes : Orbagnoux, Armaille, Col de la Lèbe. C’est en 1846 que l’ingénieur Adrian communique ses découvertes au savant Thiollière qui comprend d’emblée l’importance paléontologique du gisement. Jusqu’à la date de sa mort en 1859, il ne cesse de rassembler des fossiles de Cerin. Cette collection de pièces exceptionnelles est donnée au Musée Guimet d’Histoire naturelle de Lyon.

En 1969, l’idée d’un chantier émerge au sein du laboratoire associé au CNRS n° 11 dirigé par le professeur David. De longs travaux de préparation s’ensuivent, coordonnés par le professeur Enay. En 1975, les fouilles peuvent commencer et sont confiées à Paul Bernier, aidé de ses collègues Barales, Bourseau, Buffetaut, Gaillard, Gall et Wenz, ainsi que du technicien Jean-Claude Renaud. Le plus grand chantier d’Europe en la matière démarre. Il faut équiper le secteur isolé en eau et électricité, ainsi que concevoir des installations appropriées. Une station de pompage est construite, dont l’eau sert au lavage des surfaces fouillées.

Les assises supérieures de calcaires lithographiques sont dégagées à l'explosif soient 1 800 m3. les fouilles dureront 20 ans et permettront de donner des réponses précises aux paléontologues. Les découvertes prouvent l'existence à Cerin d'une lagune tropicale datant d'environ 145 millions d'années.

Un musée est créé en 1986 dans l’ancien lavoir sous la houlette du maire Paul Grinand, avec Paul Bernier. En 1994, l’arrêt du chantier de Cerin est officialisé. L’association des amis des dinosaures, fondée en 1987, se charge de faire vivre les lieux.

Au 19e siècle, Cerin doit sa réputation au procédé de lithographie. Ce système a été inventé par l’Allemand Senefelder en 1796. Cet artiste cherchait un moyen d’imprimer lui-même le texte de ses pièces de théâtre. Il eut l’idée d’employer les calcaires lithographiques de Solnhofen en Bavière. Pour ce faire, il faut une pierre à grain fin (99 % de carbonate de calcium à Cerin). Celle de Solnhofen, du Montsech en Espagne, et de Cerin dans le Bugey, sont parmi les plus célèbres.

Cette industrie permet certainement l’essor de ce village bugiste au siècle dernier. La lecture des archives montre que l’exploitation de cette pierre a tenu une place importante dans la vie communale. L’exploitation semble démarrer vers 1830, est florissante de 1850 jusqu’en 1875. Le développement de la photographie entraîne son déclin vers 1885. 

Après la visite du musée la projection vidéo du film « Une île à remonter le temps », décrit de façon très claire les différentes étapes géologiques. Les enfants ont une vidéo adaptée à leur âge qui les emmène de manière ludique sur les traces des ammonites et autres animaux marins.

On y apprend qu’au Jurassique supérieur, Cerin ressemblait à l’île d’Aldabra qui se trouve aux Seychelles. Un lagon dans une mer chaude peu profonde, protégé par un récif corallien. Au fil du temps, des dépôts de boue calcaire se sont formés, emprisonnant des milliers d’organismes marins. Et tout s’est progressivement pétrifié. Aujourd’hui, le climat a bien changé. Il ne reste plus que les fossiles pour rappeler qu’il y a environ 150 millions d’années, Cerin ressemblait à une île des Seychelles.

Aussi loin que l'on remonte dans son histoire, le Muséum d'Histoire naturelle de Lyon a toujours exposé dans ses salles permanentes de Géologie-Paléontologie une sélection de fossiles provenant de Cerin, dès les années qui suivirent la découverte de ce gisement.

Il convient de mentionner la grande exposition thématique "Cerin, une lagune tropicale au temps des dinosaures", présentée du 11 novembre 1985 au 30 mars 1986, qui connut un succès considérable : pas moins de 24 250 visiteurs.

Le musée des Confluences possède aujourd'hui une collection de 1700 fossiles provenant de ce remarquable gisement. Ils ont été découverts lors de l'exploitation de la carrière de pierres lithographiques de Cerin, au 19e siècle et au début du 20e siècle. Une partie de ces fossiles est présentée dans l'exposition Origines.

Les collections du gisement de Cerin au musée des Confluences